1980년대 국내 제약산업은 시장 개방과 선진시스템 구축 의무화 등 이전에 경험하지 못했던 격랑에 휘말렸다.
의약시장 개방과 우수의약품관리제도(KGMP; Korea Good Manufacturing Practice) 도입은 규모의 생산 시대를 유도, 제약업계의 어려움을 가중시켰다.
특히, 1984년 정부가 도입한 KGMP 제도는 중소 제약사의 존립 자체를 위협하기 시작했다.

선진 제조 시스템 구축을 위한 대규모 자본 투자가 불가피했기 때문이다. 의약품은 원료에서부터 시험, 보관, 제조관리, 품질관리 및 출하 등 전 과정에 체계적인 관리가 필수적인 특수 제품이다. 미국은 이러한 의약품의 제조 및 품질 기준을 표준화하기 위해 '우수의약품관리제도(The Good Manufacturing Practice, GMP)'를 만들고 이를 전 세계에 전파하기 시작했다

제약 시장의 개방은 고도의 품질과 마케팅 능력을 갖춘 다국적 제약사와의 경쟁을 의미하는 것이기도 했다.
특히 병의원 거래가 절대적이었던 대원제약의 타격은 더 클 것으로 전망되었다.
경영 전반의 혁신과 제품 포트폴리오 변화, 과감한 영업정책의 수립이 절실했다.

백부현 사장은 외국기업과의 경쟁을 위해 선진 제약사의 생리를 파악하는 것이 중요하다고 판단했다.
이를 위해 다국적 제약사에 근무했던 전문 경영인을 전격 영입했다.

이는 당시 국내 대형 제약사들도 시도하지 못했던 혁신적 선택으로 시장의 변화를 읽는 혜안과 결단력을 보여주는 것이었다

영업전략 및 영업관리 면에서도 선진 기법이 적용되기 시작했다.
팔기 쉬운 약이 아니라 반드시 팔아야 하는 약에 대한 개념이 형성되기 시작한 것이다.
이를 위해 모든 품목을 △집중품목 △유지품목 △정리품목으로 구분해 차별화된 목표를 부여했다.
영업사원별로 할당액을 부여하되 집중품목의 판매증진을 독려하고 팔기 쉬운 품목은 일정량만 공급함으로써 전략목표를 달성하는 방식이었다.

영업관리도 체계적이고 엄격하게 진화했다.
모든 영업사원은 일일 방문 거래처를 20개로 선정하고 결과를 '1일 활동보고서'로 작성했다.
영업실적이 구체적으로 평가됨으로써 영업 부진요소가 파악되었다. 이러한 혁신적 영업관리 정책은 의약분업이 시행된 2000년대 이후에나 업계에 도입되었다.

1984년 순수의약품으로 시작된 정부의 KGMP 기준 적용 권고는 제약산업의 패러다임을 근본적으로 바꾸었다.
대규모 시설투자를 통해 선진 제약 설비를 구축해야 했기 때문이다.
중소 제약사의 경우 이 같은 변화가 존립에 영향을 줄 만큼 충격으로 다가왔다.
1980년대 초 이미 흐름을 예측했던 백부현 회장은 다양한 혁신활동을 통해 경쟁력을 구축하고 있었다. 그러나 KGMP 기준 충족을 위한 시스템 구축은 해법이 쉽지 않았다.
수차례의 증설을 이어온 부산공장을 신규 GMP공장으로 전환하는 데 한계가 있었기 때문이다.

백부현 회장은 결국 신규 공장 건설로 결론을 내리고 부지 확보에 나섰다.
최초로 고려된 곳은 백부현 회장의 고향인 경기도 이천시 장호읍 일대 33,057.8㎡(1만 평)규모의 부지였다. 그러나 이 지역은 학원 부지로 용도가 제한되어 공장 설립이 어려웠다.
장학사업에 대한 의지가 남달랐던 백부현 회장은 훗날 이곳에 장호공업고등학교(現 부원고등학교)를 설립하게 된다.
대안을 찾던 백부현 회장은 정부와 대한약품공업협동조합이 건설을 추진하고 있던 향남제약공단 부지를 주목했다.
대원제약은 중소 제약사를 위한 최초의 제약전문공단이었던 향남제약공단에 입주신청서를 제출했다.
정부와 조합의 적격 심사가 진행되었고 대원제약은 최종적으로 16,528.9㎡(5,000평)의 부지를 확보하는 데 성공했다.

백부현 회장은 향남공장 건설을 준비하면서 중앙연구소의 건립을 함께 구상했다.
물질특허등록 허용 등 선진 제약회사들과의 경쟁을 위해 제품개발력을 극대화할 수 있는 선진 연구시설이 필요했기 때문이다.
이에 따라 김동춘 사장은 KGMP 공장 건설과 연구소 건립 준비를 병행해 나갔다.

향남공장 준공 1년만인 1989년 9월 중앙연구소가 1,719㎡(520평) 규모로 향남공장 내에 완공되었다.
중앙연구소는 기기분석실을 비롯해 미생물실, 일반화학실험실, 동물시험실, 드래프트(Draft)실 등 최신 시험실을 갖추었으며 비소시험장치, 속슬렛장치, 용출시험장치, 칼핏샤스분측정기, 가스 크로마토그라피, 적외선분광광도계, Antibiohzzone Reader 등 첨단 시험장비를 완비했다.

1977년 직장의료보험 제도 도입 이후 우리나라의 의료보험 적용 대상자는 꾸준히 확대되어 왔다.
1989년 1월, 도시 자영업자까지 의료보험이 적용되면서 실질적인 전 국민 의료보험시대가 시작되었다.
의료복지 실현과 의약품 수요 확대라는 측면에서 호재였다.

1977년 2,506억 원이었던 의약품 생산액은 의료보험이 확대된 1989년, 2조 7,866억 원을 기록해 무려 10배 이상 증가하였다.
그러자 정부의 적극적 시장개입이 불가피하게 되었다. 국민들의 병원 이용이 급격히 증가하면서 정부는 보험재정을 걱정하기 시작했고 약가 인하 등 강력한 규제 정책을 내놓기 시작한 것이다.